Ystävyyskuntayhteistyö ei ole pelkkää virallisten delegaatioiden vaihtoa, vaan ystävyyskuntasuhteet Suomen ja Venäjän välillä ovat kehittyneet vuosien saatossa monipuoliseksi käytännön toiminnaksi. Usein ystävyyskuntayhteistyöhön yhdistyy myös alueiden välistä yhteistyötä.
Monet Suomi-Venäjä-Seuran osastoista ovat tiiviisti mukana oman paikkakuntansa ja venäläisen ystävyyskaupungin yhteistyössä. Käytännössä tämä tarkoittaa muun muassa koululaisvaihdon ja -retkien järjestämistä, kulttuuriryhmien vaihtoa, vierailuja rajantakaisten ystäväperheiden luona, näyttelyiden järjestämistä sekä käsityöpajoja. Lappeenrannan osastomme on järjestänyt yli 30 vuoden ajan ystävyyspyöräilyä Viipuriin. Seinäjoen osasto on puolestaan vienyt tangoa Seinäjoen uuteen ystävyyskaupunkiin Veliki Novgorodiin ja edistänyt Novgorodin filharmonian ja Seinäjoen kaupunginorkesterin huikeaa yhteistyötä ja lukiolaisvaihtoa. Tarkemmin osastojen ystävyyskuntayhteistyöhön voi tutustua osastosivuilla>>
Ystävyyskuntakongresseissa verkostoidutaan ja kehitetään yhteistyötä
Suomi-Venäjä-Seura on mukana järjestämässä ystävyyskuntakongresseja yhdessä Kuntaliiton, Venäjän kaupunkien liiton ja Venäjän ystävyyskaupunkien liiton sekä kongressin isäntäkaupungin kanssa. Ystävyyskuntakongresseissa lisätään ymmärrystä kunta- ja aluehallinnonjärjestelmistä ja niissä tapahtuneista muutoksista molemmin puolin, verkostoidutaan ja keskustellaan parhaimmista käytänteistä ja etsitään uusia yhteistyömuotoja. Vuonna 2017 järjestettiin järjestyksessään viides ystävyyskuntakongressi Turussa. Seuraava ystävyyskuntakongressi järjestetään vuonna 2020 Venäjällä Tverissä.
Kuntaliiton tekemä selvitys Kuntien ja maakuntien liittojen Venäjä-yhteistyöstä vuodelta 2015